We współczesnej Japonii nadal istnieje w tajnego Zakonu tajemniczy wojownik ninja. Niektóre z tych żołnierzy nawet przyjmować zamówienia do zabijania przestępców, którzy zajmują wysokie stanowiska w rządzie. Dziś w Gun Ninja gry będziemy grać dla takiego najemnika. Otrzymał rozkaz za morderstwo, a teraz on musi dostać się do chronionego osiedla. Zręcznie przechodząc przez jego korytarzach, skoki przez luk w podłodze i unikając pułapek, ruszymy do przodu. Mamy oczywiście żołnierze będą atakować ochronę, ale są przy użyciu broni palnej będzie ich wszystkich zabić. Najważniejsze, aby nie pozwolić im zbliżyć się do ciebie, bo wtedy mogą zrobić uszkodzić miecze i twoja postać zostanie zabita. Ale można po drodze zebrać apteczkę, która stałaby się ich standard życia.