Odważni ninja Kioto muszą wejść do chronionego zamku i ukraść stamtąd jeden artefakt, który kiedyś ukradł jego świątynię. W grze Jump Ninja Hero dołączycie do jego przygód. Aby dostać się do zamku, nasz bohater musi przejść przez pewien obszar, który jest strzeżony przez żołnierzy wroga. Nasz bohater będzie nieustannie strzelał z łuków, kuszy i innej broni. Jeździsz, nasz bohater będzie musiał unikać wszystkich obiektów latających w nim. Tylko w ten sposób może przeżyć i dotrzeć do końcowego punktu swojej podróży.