W poprzedniej części opowieści Batman, mimo że znalazł Jokera, nigdy nie zdołał go pogrążyć i uwolnić swojego rodzinnego Gotham od tego potwora. Potwór zdołał ukryć się w ciemności i nie mógł już wykryć swojej obecności. W grze Batman: Revenge of Joker superbohater znajduje ślady przestępcy prowadzącego do laboratorium wojskowego. Po penetracji tajnego przedsięwzięcia przeszukuje pokój, aż Joker wyjdzie z ukrycia. Teraz powinieneś ostatecznie ukarać przeciwnika lub całkowicie i nieodwołalnie wypędzić go z miasta. Wypróbuj najsilniejsze ciosy Joe, które są przyznawane Batmanowi i nie pozwól na porażkę.
