W odległej przyszłości naukowcy opracowali specjalny miniaturowy statek, za pomocą którego można było niszczyć różnego rodzaju wirusy. Ty w grze Virus Hunter to kontroluje. Przed tobą na ekranie zobaczysz ludzkie ciało, w którym będzie się znajdować ta jednostka. Będzie latał naprzód, stopniowo przyspieszając. Po drodze pojawią się różne bakterie. Będziesz musiał dokładnie strzelać ze specjalnych narzędzi, aby wpaść na te bakterie i tym samym je zniszczyć.