W pobliżu farmy, na której mieszka owca Shawn, wylądował statek obcych. Seanowi udało się zaprzyjaźnić z nimi, a teraz postanowili zorganizować wspólny konkurs biegowy. W grze Shaun the Sheep Alien Athletics pomożesz Shaun the Sheep w pokonaniu ich. Przed sobą na ekranie zobaczysz drogę, po której Sean będzie biegł stopniowo nabiera prędkości. Musisz uważnie przyjrzeć się ekranowi. Na drodze naszego bohatera będą czekać przeszkody o różnej wysokości. Kiedy twój bohater podbiegnie do tej przeszkody, będziesz musiał kliknąć myszką na ekranie. Następnie Sean skoczy i przeleci w powietrzu nad przeszkodą. Czasami w drodze znajdziesz różne przydatne przedmioty, które twoja owca będzie musiała zebrać.