Stwór o imieniu Pixelmon żyje w świecie Minecraft. W jakiś sposób nasz bohater udał się w najodleglejsze rejony kraju, aby tu osiedlić się i zbudować małe miasteczko. Ty w grze Pixelmon Craft pomożesz mu w tym. Na ekranie przed sobą zobaczysz swoją postać, która znajduje się w określonej lokalizacji. Z boku będzie widoczna mała mapa z ikonami wskazującymi lokalizację różnych zasobów. Twój bohater będzie musiał odwiedzić wszystkie te miejsca i zdobyć te zasoby. Następnie za pomocą specjalnego panelu sterującego rozpoczniesz budowę przeróżnych budynków na potrzeby naszego bohatera. Możesz także tworzyć nowe narzędzia i bronie.