W drugiej części gry Counter Craft 2 będziesz nadal uczestniczyć w działaniach wojennych między różnymi frakcjami, które mają miejsce w świecie Minecraft. Na początku gry znajdziesz się w początkowej lokacji, w której możesz wybrać broń według własnego gustu. Następnie zostaniesz przetransportowany do określonej lokalizacji. Będziesz musiał umiejętnie sterować postacią i potajemnie iść do przodu. Aby to zrobić, wykorzystaj cechy reliefu, budynków i różnych obiektów rozsianych po całym miejscu. Gdy tylko zauważysz wroga, wyceluj w niego broń i widząc go, otwórz ogień, by zabić. Strzelając celnie, zniszczysz wroga i zdobędziesz za to punkty. Po śmierci wroga będziesz musiał podnieść trofea, które z niego wypadną.