W grze Kingdom of Ninja udasz się do królestwa, w którym żyją wojownicy ninja. W ostatnich latach panowały złe warunki pogodowe i zbiory dały bardzo mało plonów, zaczęły też pojawiać się krwiożercze potwory. Sam król postanowił naprawić sytuację, ponieważ to on odpowiada za życie swoich mieszkańców. Aby tego dokonać, będzie musiał zejść do katakumb pod miastem, gdyż to właśnie stamtąd w nocy zaczęły wyłaniać się stworzenia ciemności. Ponadto przeczytał w starożytnych zwojach, że w tych labiryntach ukryte są starożytne skarby, a jeśli uda się je wszystkie zebrać, zły czar zostanie rozwiany. Będziesz towarzyszyć swojemu bohaterowi, który wygląda jak czarny kwadrat z czerwonym paskiem na oczach. Aby spełnić wszystkie warunki zapisane w starożytnych kronikach, będzie musiał zejść do podziemia bez broni i tylko niesamowita zręczność pomoże mu przejść wszystkie testy. Już od pierwszych kroków będzie musiał stawić czoła różnego rodzaju pułapkom, dziurom w ziemi i wysokim półkom. W niektórych miejscach, żeby dostać się na kolejne piętro, trzeba będzie wspiąć się po ścianach. Jeśli po drodze spotkasz potwory to nie powinieneś próbować ich atakować, bo nie ma szans na wygranie bitwy. Lepiej po prostu przeskoczyć i kontynuować poszukiwania skrzyń ze skarbami w Kingdom of Ninja.
