W drugiej części Funny Throat Surgery 2 będziesz kontynuować pracę jako dentysta w szpitalu. Na wizytę przyjdą pacjenci z chorobami zębów. Przede wszystkim będziesz musiał dokładnie zbadać jamę ustną i zdiagnozować pacjenta. Następnie pojawi się panel sterowania, na którym będą widoczne różne instrumenty medyczne i leki. Konsekwentnie stosując te elementy, przeprowadzisz zestaw działań mających na celu leczenie pacjenta. Kiedy skończysz, będzie całkowicie zdrowy i zaczniesz leczyć innych pacjentów.