W drugiej części Ninja Dogs 2 będziesz nadal pomagać drużynie psów ninja w walce ze strażnikami z królestwa kotów. Dziś musisz zaatakować ich zamki i zdobyć je lub zniszczyć. Przed tobą na ekranie zobaczysz określony obszar, w którym będą znajdować się budynki. Wewnątrz budynków zobaczysz koty-żołnierzy. W pewnej odległości od budynków zostanie zainstalowane działo. Z jego pomocą będziesz strzelał do psów swoimi wojnami, a te po przebyciu pewnej odległości rozbiją się o ścianę budynku i zniszczą atakujące go koty. Aby to zrobić, musisz obliczyć trajektorie swoich strzałów. Po zniszczeniu wszystkich kotów otrzymasz punkty i przejdziesz do kolejnego poziomu gry.