Rozpoczęła się wojna między klanami ninja, które wspierają różne strony w walce między siłami Światła i Ciemności. W grze Ninja Legend pomożesz swojemu bohaterowi w walce z mrocznymi ninja, którzy zaatakowali klasztor, gdzie przygotowują wojowników sił światła. Przed tobą na ekranie zobaczysz swoją postać uzbrojoną w tarczę i włócznię. W jego kierunku ruszą włócznicy wroga. Ty kontrolując swojego bohatera będziesz musiał obliczyć trajektorię rzutu i rzucić włócznią we wroga. Jeśli celujesz dokładnie, włócznia trafi przeciwnika i go zniszczy. W twojego bohatera zostaną również rzucone włócznie. Będziesz musiał użyć swojej tarczy, aby z nimi walczyć. Ponadto twój bohater może korzystać z różnych magicznych zdolności, aby chronić lub atakować wrogów.