Podróżując po Galaktyce, badacz o imieniu Tom nieustannie napotyka różne starożytne artefakty. Aby twój bohater mógł się do nich dostać, musi rozwiązać różne zagadki. Ty w grze Puzzle Galaxies pomożesz mu w tym. Przed sobą na ekranie zobaczysz projekt składający się z kostek. Każda z nich zostanie wewnątrz podzielona na równą liczbę kwadratowych stref. W każdej strefie zobaczysz kulę określonego koloru. Za pomocą klawiszy sterujących będziesz obracać kostki wokół ich osi w przestrzeni. Twoim zadaniem jest ustawienie tych elementów tak, aby wszystkie kulki ułożyły się w określonej kolejności. Gdy tylko to zrobisz, otrzymasz określoną liczbę punktów w grze Puzzle Galaxies i przejdziesz do następnego poziomu gry.
