Facet o imieniu Tom odziedziczył małą fabrykę, która podupadała. Nasz bohater postanowił zacząć go rozwijać. W grze Mega Factory mu w tym pomożesz. Na ekranie przed Tobą będzie widoczna Twoja postać, która będzie znajdować się w jednym z pomieszczeń fabryki. Pierwszą rzeczą, którą będziesz musiał zrobić, to przebiec przez nią i dokładnie wszystko obejrzeć. Będziesz musiał zebrać złote monety rozrzucone na podłodze pokoju. Następnie uruchomisz wyposażenie fabryczne. Zacznie wytwarzać produkty, które będziesz musiał zapakować. Następnie załadujesz produkt na ciężarówkę, która dostarczy go do klientów. Za to otrzymasz pieniądze. Możesz je wydać na zakup nowego sprzętu dla fabryki, surowców do pracy i zatrudnienie pracowników. Stopniowo w grze Mega Factory zorganizujesz pracę fabryki.