Bohaterem gry Murder Case Clue 3D jest chłopiec o imieniu Tomek, który uwielbia kryminały. Przeczytał wszystkie prace o Sherlocku Holmesie i Herkulesie Poirocie i dokładnie wie, kim się stanie, gdy dorośnie. Facet od dawna marzył o zbadaniu prawdziwego przestępstwa. Ale kto mu na to pozwoli, bo jest jeszcze nastolatkiem. Jednak życie czasami przynosi niespodzianki. Kiedy przyjaciele zaprosili chłopca na weekend do wiejskiego domu, nie miał pojęcia, jak to się może skończyć. Po przybyciu pod wskazany adres i znalezieniu pożądanego domu bohater zastał go pustym. Wszyscy przyjaciele wyszli, aby złożyć zeznania na policji, ponieważ w ich domu doszło do morderstwa. Choć nikogo w pobliżu nie było, chłopiec postanowił zbadać sprawę. Nikt nie będzie mu przeszkadzał w szukaniu dowodów, a Ty pomożesz szybko ustalić prawdę w Murder Case Clue 3D.
