Każdy rodzaj działalności wymaga profesjonalizmu, jednak w niektórych zawodach konieczne jest także przestrzeganie pewnych aspektów moralnych, a dotyczy to w szczególności różnych osiągnięć nauki, które mogą szkodzić ludziom. Bohater gry Secret Lab Chronicles, profesor Benjamin, otrzymał kuszącą ofertę pracy w prywatnym laboratorium nad tajnymi eksperymentami. Postanowił się zgodzić, ale kiedy zaczął pracę, zdał sobie sprawę, że jeśli eksperymenty zakończą się sukcesem, ludzkość stanie przed kolejnym zagrożeniem w postaci pojawienia się broni, której nie będzie można porównać z żadną z istniejących. Bohater chce zdemaskować wszystkich, którzy stoją za powstaniem i funkcjonowaniem laboratorium, potrzebuje jednak dowodów, a Ty musisz je zebrać w Secret Lab Chronicles.