Specjalny pociąg kursujący z Antarktydy do dżungli może przestać istnieć, a powodem jest niszczenie torów kolejowych. Zwierzęta, bojąc się utraty jedynego środka transportu, który pozwala im podróżować, zwróciły się do Diego o pomoc w Go Diego Go! Akcja ratunkowa Diego na kolei. Chłopak jest gotowy do pomocy, angażując Cię w realizację swojego planu. Polega ona na naprawie drogi, ale najpierw trzeba umieścić wszystkie zwierzęta w wagonach. Pasażerowie zgadzają się podróżować tylko w towarzystwie swojego gatunku, dlatego dla pingwinów, jeleni, niedźwiedzi i tak dalej jest osobny przewóz. Kiedy wszystkie zwierzęta zostaną ułożone, pociąg rozpocznie swoją podróż i przed każdym przystankiem należy ułożyć drogę jak puzzle, przewracając poszczególne sekcje w grze Go Diego Go! Akcja ratunkowa Diego na kolei.
