W czasach starożytnych w służbie cesarzy Japonii był kolejność ninja. Te tajemnicze wojny miały wtedy najlepsze umiejętności wywiadowcze i wszyscy byli artystami wojennymi. Dzisiaj, w grze Run Ninja, pomożemy Ci jedną taką wojnę, aby infiltrować terytorium wroga. Nasz bohater będzie biegał wzdłuż drogi, wypełnionej różnymi pułapkami i innymi niebezpieczeństwami. Możesz większość z nich skakać z prędkością i uciekać. Jeśli spotkasz wrogich żołnierzy, spróbuj ich zniszczyć. Również w drodze zbieraj różne przedmioty leżące na ziemi. Dają ci punkty i inne fajne bonusy.