W świecie Kogam pojawiły się postacie z innego wszechświata gry, a teraz większość terytorium jest pochłonięta wojną. Ty w grze Kogama: FNaF vs KoGaMa będą uczestniczyć w tym konflikcie. Będziesz miał możliwość wyboru strony, na którą będziesz grał. Potem dojdziesz do miejsca, gdzie odbędą się walki. Natychmiast spróbuj znaleźć broń i tylko wtedy ruszać naprzód w kierunku przeciwnika. Po wykryciu, natychmiast strzelaj i próbuj szybko zabić wroga. Dla Ciebie będą też kręcone, aby wyszukać przedmioty, które mogą być wykorzystane jako schronienie. Zbierz pierwsze zestawy pomocy i inne przedmioty, które pomogą Ci w walce.