W odległej przyszłości na naszej planecie naukowcy z jednego z krajów przeprowadzili eksperymenty dotyczące modyfikacji genów u ludzi. Rezultatem ich pracy było pojawienie się ogromnej liczby mutantów. Pewnego ranka wyrwali się z laboratoriów i zaatakowali miasto, w którym mieszkała ludność cywilna. Teraz w grze Mutant War jako żołnierz jednostki specjalnej będzie musiał dołączyć do nich w bitwie i oczyścić miasto z potworów. Poruszając się ulicami, należy uważnie się rozejrzeć i szukać wroga. Widząc go, otwórz ogień z odległości i niszcz potwory. Pamiętaj, że zbliżając się do ciebie, mogą zadać ci obrażenia i cię zabić. Zbieraj leki i broń, które przydadzą ci się w walce.