W starożytnej Japonii trwała wojna między dwoma kastami wojowników - samurajów i ninja. W grze Ninja Runner będziesz walczył po stronie Zakonu Ninja. Twoja postać otrzymała rozkaz od przywódcy rozkazu przeprowadzenia rekonesansu w jednym lesie, gdzie mogą się ukryć oddziały samurajów. Twój bohater odważnie pogrążył się w lesie i pobiegł ścieżką. Wiele niebezpieczeństw i pułapek czeka na niego w drodze. Kontrolujesz swoją postać, musisz go skakać i nie wpaść w te pułapki. Jeśli natkniesz się na żołnierzy wroga, będziesz musiał zniszczyć ich wszystkich za pomocą miecza. Po prostu zbieraj różne przedmioty, które wpadają mu w drogę.