W starożytnej Japonii istniał Order Ninja Warriors, który walczył z różnymi wrogami państwa i potworami. Dziś jesteśmy w grze Ninja Defender, pomożemy jednej wojnie wejść do świątyni i wypełnić zadanie szefa jego rozkazu. Nasz bohater podróżujący przez świątynię przeniknie do swoich sal. Zostanie zaatakowany przez różne potwory. Nasza postać użyje broni bardzo podobnie do bumerangu. Wrzucając go do wroga, uderzymy go, a następnie obiekt odleci. Będziemy musieli przenieść postać, aby ją odepchnął i tym samym ponownie rzucił piłkę. Jeśli nie mamy na to czasu, stracimy broń i stracimy rundę.
