Raz piekielne bramy zdążyły już zamknąć drzwi, ale złe duchy nie pozostawiły nadziei na ponowne uwolnienie się i udało im się po wielu latach. Tym razem otworzyli portal na Marsie w nadziei, że ludzie nie mogą go od razu znaleźć. Ale Mars został już skolonizowany, wiele biologicznych laboratoriów na nim się znalazło, a grupa naukowców pracuje, wszyscy zostali poddani okrutnemu atakowi potworów. Twoja drużyna zamiatania musi zniszczyć potwory w Doomie 3 i nie musisz zdobywać doświadczenia. Idź do czerwonej planety i bądź ostrożny, potwory stały się mądrzejsze i silniejsze.