W trzeciej części gry Doctor Acorn 3 ponownie znajdziemy się w lesie, w którym mieszka dobry lekarz. Nasz bohater zawsze leczy i pomaga wszystkim zwierzętom żyjącym w lesie. Jak gdyby w swoim domowym telefonie odebrał telefon od jednego z pingwinów. Mieli nieznaną epidemię i poprosili o pomoc. Nasz lekarz natychmiast zebrał swoją torbę z lekarstwami i wyruszył. Pomożesz swojemu bohaterowi pokonać wszystkie niebezpieczeństwa, które go czekają. Twój bohater będzie musiał przeskoczyć przez wszystkie niebezpieczne odcinki znajdujące się na drodze. Będzie także w stanie zbierać różne przedmioty rozrzucone wszędzie. Mogą być pomocne.