Podczas podróży w kosmos astronauta Jack odkrył ogromną bazę dryfującą. Nasz bohater postanowił ją penetrować i eksplorować. Ale najpierw będzie musiał znaleźć lądowisko. Ty w grze Endless Space Pilot pomoże mu w tym. Będziesz latał na swoim statku kosmicznym określoną trasą. Po drodze natkniesz się na przeszkody i różne pułapki. Sprytnie manewrujesz na swoim statku, będziesz musiał latać wokół nich ze wszystkich stron. Pamiętaj, że zderzenie z przeszkodą spowoduje uszkodzenie statku, a twój bohater zginie.