W starożytnej Japonii istniały specjalne świątynie, w których przygotowywali wojny takie jak ninja. Ty w grze Ninja Runs 3d przejdź do jednego z nich i pomóż jednemu ninja przejść różne rodzaje treningu. Dziś twój bohater będzie musiał biec razem ze specjalnie zbudowanymi torami przeszkód wraz z innymi ninja i dotrzeć do mety jako pierwszy. Będziesz zarządzał jego działaniami. Musisz skakać przez wiele przeszkód, wspinać się na różne przeszkody i wykonywać wiele innych działań, które pomogą ninja wygrać konkurencję.