W nowej grze Running Ninja udasz się do starożytnej Japonii, aby pomóc dzielnemu wojownikowi ninja dostarczyć cesarzowi wiadomość od mistrza jego zakonu. Twoja postać będzie biec jak najszybciej po określonej trasie. Po drodze Twoja postać napotka różne przeszkody i pułapki. Będziesz musiał użyć klawiszy kontrolnych, aby twój bohater skoczył i przeleciał przez wszystkie te niebezpieczeństwa. Jeśli natrafi na wrogów, będzie mógł ich zniszczyć za pomocą swojej broni do rzucania.