Szalony profesor Thomas ponownie przeprowadza eksperymenty w swoim tajnym laboratorium. Nieudana próba zmieszania różnych chemikaliów spowodowała wybuch i w powietrzu pojawiły się kulki wypełnione trującym gazem. Stopniowo wypełniają pokój. W grze profesor Bubble Shooter będziesz musiał pomóc naukowcom się ich pozbyć. W tym celu nasz bohater użyje specjalnego działa, które wystrzeli pojedyncze ładunki. Musisz znaleźć skupisko bąbelków tego samego koloru i uwolnić przez nie ładunek dokładnie tego samego koloru. W ten sposób zniszczysz je i zdobędziesz za to punkty.
