Na małej farmie w pobliżu lasu mieszka z rodziną kogut imieniem Thomas. Pewnego dnia, przechodząc przez polanę w pobliżu farmy, zauważył, jak portal otworzył się w powietrzu i zaczęły się z niego wysypywać kurze jaja. Nasz bohater postanowił ich wszystkich uratować. Ty w Eggcellent Equations pomożesz mu w tym. Przed sobą na ekranie zobaczysz swoją postać trzymającą w dłoniach kosz. Jajka spadną z nieba na ziemię. Jeśli choć jeden z nich dotknie ziemi, pęknie i przegrywasz rundę. Dlatego za pomocą klawiszy sterujących spraw, by twój bohater poruszał się po polanie i podmień kosz pod jajka. W ten sposób złapie spadające jajka, a ty otrzymasz za to punkty.