Młody chłopak Naruto jest uważany za jednego z najlepszych walczących wręcz. Dość często nasz bohater pomaga w bitwach przeciwko rozkazom mrocznego ninja. Więc dzisiaj będzie musiał wypełnić szereg misji, aw grze Naruto Ninja Council pomożesz mu w tym. Przed sobą na ekranie zobaczysz swoją postać, która będzie w określonym obszarze. Używając klawiszy sterowania, sprawisz, że twój bohater będzie poruszał się do przodu. Po drodze natkniesz się na przeszkody i pułapki, które Naruto będzie musiał ominąć lub przeskoczyć z dużą prędkością. Gdy tylko spotkasz wroga, rozpocznie się bitwa. Będziesz musiał uderzać wroga ciosami i kopnięciami, a także wykonywać techniki. Twoim zadaniem jest znokautowanie przeciwnika i zdobycie za niego punktów.