Spider-Man ma czasem niezwykłe rzeczy, a zwłaszcza ostatnio. Może iść spać w swoim domu i obudzić się w zupełnie innym miejscu. To jakaś magia lub super technologia, musisz się dowiedzieć, zanim będzie gorzej. W grze Marvel Ultimate Spider-man Mystery City ty i super bohater znajdziecie się w tajemniczym mieście, którego nie ma na mapie. Najprawdopodobniej znajduje się w równoległym wszechświecie. Spider-Man chce zrozumieć, jak jest transportowany w kosmosie i dlaczego właśnie tutaj. Do poruszania się po mieście. Konieczne jest skakanie i lądowanie dokładnie na niebieskich płytkach, w przeciwnym razie bohater może zostać ranny w Marvel Ultimate Spider-man Mystery City.