W Grzybowym Królestwie znowu kłopoty, nieznane istoty w maskach i szatach najechały krainę i nie są to ludzie, ale najwyraźniej roboty, które są przeciwne wszystkim żywym istotom. Są dobrze uzbrojeni, a broń nie jest pochodzenia ziemskiego. Ale nasz bohater Mario również nie jest chybiony w Super Mario Mission Impossible. Dzierży potężny blaster, który wystrzeliwuje śmiercionośną wiązkę lasera, aby z pewnością zniszczyć niezwykłych wrogów. Ale jest tylko jeden hydraulik, a robotów jest wiele, więc pospiesz mu z pomocą i niszcz każdego, kto spotka go na swojej drodze. Bohater będzie się ciągle poruszał i ważne jest, aby w grze Super Mario Mission Impossible nie dopuścić do zbytniego zbliżenia się wroga.