Dzielny chłopiec ninja musi dziś złożyć raport kierownikowi swojego zakonu. Nasz bohater będzie musiał pokonać ciemny las, w którym znajdują się różnego rodzaju potwory. Ty w grze Ninja Boy Ultimate Edition pomożesz mu w tym. Przed tobą na ekranie zobaczysz swoją postać, która stopniowo nabierając prędkości będzie biec po ścieżce. Na jego drodze pojawią się różne przeszkody i pułapki. Sprytnie sterując postacią, możesz sprawić, by w biegu przeskoczył nad nimi wszystkimi. Po spotkaniu z potworami możesz je zniszczyć, rzucając w nie shurikenami lub zadając ciosy swoim zaufanym mieczem. Zbieraj różne przedmioty i monety rozrzucone po drodze. Za zebrane przedmioty otrzymasz punkty w wersji Ninja Boy Ultimate Edition.