Woda lub jakakolwiek inna ciecz, zgodnie z prawami grawitacji, spłynie, jeśli znajdzie dla siebie wyjście, nawet małą szczelinę. W Water Flow 3D musisz pozwolić jej swobodnie płynąć, aby wypełnić kwadratowe pojemniki poniżej. Liczba pojemników będzie się różnić, ale musisz pamiętać, że możesz wlać do nich tylko płyn o odpowiednim kolorze. Aby to zrobić, otwórz klapki w odpowiedniej kolejności. Czasami trzeba będzie mieszać płyny, a szklane ścianki rozbić ciężkimi kulkami w Water Flow 3D. Jest wiele poziomów i są one zróżnicowane w ustalaniu zadań.