Podróżujący bracia znaleźli wejście do tajemniczej jaskini. Postanowili go zbadać, ale nie podejrzewali, że jest to portal do innego świata i okazało się, że jest otwarty. Bohaterowie w jednej chwili okazali się być bardzo daleko od domu i nie ma już możliwości powrotu tą samą drogą. Portal się zamknął, musisz poszukać innych wyjść, a pomożesz bohaterom w ich poszukiwaniach w grze Super Brothers. Na każdym poziomie konieczne jest bezbłędne zbieranie sześciościennych kryształów i kluczy. Bez nich kamienne drzwi się nie otworzą. Każdy brat ma swoje umiejętności. Jeden wie, jak łatwo pokonywać bariery wodne, a drugi – ogień. Bohaterowie muszą sobie nawzajem pomagać, aby skutecznie omijać pułapki i zbierać klucze w Super Brothers.