Bohaterem City Run 3D jest rodowity obywatel. Porusza się po mieście samochodem, siedzi w domu oglądając telewizję i generalnie niewiele się porusza. Wkrótce zaczął zauważać, że jego waga rośnie. Coraz trudniej było mu wchodzić po schodach i ogólnie jego zdrowie zaczęło się pogarszać. To trochę przestraszyło bohatera i postanowił zająć się sportem, wybierając bieganie. Rano poszedł pobiegać i prosi o pomoc w radzeniu sobie z różnymi przeszkodami. Na drodze, po której będzie biegał, jeżdżą samochody, są różne przeszkody, pod którymi trzeba się pochylić. Zbieraj monety, kontrolując klawisze WASD. Pomóż bohaterowi uciec jak najdalej w grze City Run 3D.