Mario, kochany przez nas wszystkich hydraulik, zainteresował się takim ulicznym sportem jak parkour. Nasz bohater postanowił trenować w tym sporcie na dachach miejskich budynków. Ty w Super Mario City Run dołączysz do niego w tym treningu. Przed tobą na ekranie zobaczysz Mario stojącego na dachu domu. Pod twoim przewodnictwem będzie biegł naprzód, stopniowo nabierając prędkości. Przyjrzyj się uważnie ekranowi. Na drodze twojego bohatera będą awarie oddzielające dachy budynków. Gdy podbiegnie do jednego z nich w pewnej odległości, będziesz musiał sprawić, by podskoczył. W ten sposób twój bohater przeskoczy to niebezpieczeństwo. Ponadto przed Mario pojawią się przeszkody. Na niektórych z nich będzie mógł wspinać się w biegu, na innych wręcz przeciwnie, będzie musiał jechać na plecach pod dnem. Po drodze Mario musi zbierać różne przedmioty, które przyniosą ci punkty i mogą dać bohaterowi różnego rodzaju bonusy.