W grze Atom War trafisz do świata, w którym żyją najmniejsze cząstki, które nazywamy atomami. Na tym świecie rozpoczęła się wojna, a ty weźmiesz w niej udział. Zobaczysz swój czerwony atom na ekranie przed sobą. Będzie miał określony rozmiar, a wokół niego będzie widoczne niewielkie pole siłowe. Wokół twojego atomu zaczną pojawiać się inne cząsteczki o niebieskim kolorze. Będziesz musiał je dokładnie zbadać i znaleźć te, które są mniejsze niż twoja postać. Oznacza to, że te cząstki są słabsze niż twój atom. Będziesz musiał ich ścigać, a następnie atakować. Niszcząc niebieski atom otrzymasz punkty, a twoja postać stanie się większa i silniejsza.
