Dzielny ninja z Kioto, na polecenie zwierzchnika swojego zakonu, musi udać się do Mrocznych Ziem i tam odnaleźć starożytne artefakty. Ty w grze Ninja vs Zombies dołączysz do niego w tej przygodzie. Twój bohater będzie musiał przejść przez wiele lokacji i pokonać różne niebezpieczeństwa. Hordy zombie przemierzają lokacje, z którymi twój bohater będzie musiał walczyć. Wchodząc z nimi do walki, bohater będzie korzystał z rozmaitych broni. Za niszczenie żywych trupów zdobędziesz punkty, a także możesz zbierać trofea, które z nich wypadną. Za zdobyte punkty możesz kupować w sklepie gry różne bronie i amunicję dla swojej postaci.