Bojownik Contra ze specjalnej elitarnej jednostki stanie się bohaterem gry Metal Wings. Bohater będzie musiał zmierzyć się z niesamowitymi przeciwnikami - są to potwory różnej wielkości. Są silni, zwinni, mają specjalne zdolności, ale dla każdego znajdzie się odpowiednia broń i nikogo to nie oszczędzi. Broń można ulepszyć lub zmienić na taką, która jest najbardziej odpowiednia w tej konkretnej sytuacji. Żołnierz ma pewne doświadczenie, inaczej nikt nie zabrałby go do elitarnego oddziału, ale może nie wystarczy, więc twoja pomoc jest tak potrzebna. Wróg jest zbyt silny, a ponieważ nie są to zwykli śmiertelnicy, trudno określić, gdzie są jego słabe punkty. Tylko w trzech bitwach stanie się to jasne w Metal Wings.