Ninja postanowił rozprostować nogi i biegać po mieście zbierając monety. W grze Ninja Runner spotkasz bohatera i pomożesz mu zorganizować miejski parkour. Dla bohatera nie ma wysokości nie do pokonania, możesz kliknąć na faceta kilka razy i wskoczy na dowolny szczyt: platformę, wieżę i kolejny szczyt. Po przejściu przez poziom możesz przejść do kolejnego, ale bądź ostrożny, na nowych poziomach pojawią się dodatkowe przeszkody w postaci ostrych kolców, na które nie musisz wskakiwać, aby nie stracić życiowych serc. Pojawia się coraz więcej ostrych przeszkód, co oznacza, że będziesz musiał być bardzo szybki i zwinny, aby uratować ninja przed utratą życia w Ninja Runner.