Odnalezienie Sonica w jednym miejscu nie jest takie proste, każdy wie, że biega bardzo szybko i to jest jego cecha i umiejętność. W grze Sonic Runner zobaczysz również biegnącego bohatera i pomożesz ci biec jeszcze dalej. Jeż od dawna sprzeciwiał się doktorowi Robotnikowi i jego krewnym. Złoczyńca chce zdobyć Sonica, aby poeksperymentować na nim i zrozumieć, skąd bierze tak szybkie bieganie. Czasami lekarzowi udaje się wejść na trop bohatera i wtedy musi uciekać przed wrogiem. Tym razem w grze Sonic Runner pomożesz bohaterowi szybko uciec, a ponieważ droga jest cały czas przerywana, musisz nie tylko biegać, ale także skakać.