Podróżując po całym świecie, Naruto przypadkowo wpadł do portalu, który zabrał go do świata cieni. Teraz nasz bohater będzie musiał znaleźć drogę do domu. Ty w grze Naruto Shadow Adventures pomożesz mu w tym. Używając klawiszy sterujących, zmusisz bohatera do poruszania się po okolicy. Po drodze pokona różne przeszkody i pułapki. Wszędzie będą porozrzucane monety i inne przedmioty, które twój bohater będzie musiał zebrać. Jeśli natkniesz się na mieszkańców tego świata, ludziki z cienia, będziesz musiał z nimi walczyć. Kontrolując działania Naruto, uderzysz we wroga. Niszcząc wrogów zdobędziesz punkty i zbierzesz trofea, które z niego wypadną.