Słynny bohater kreskówki, zbawca ludzkości, dziesięcioletni Ben Tennyson ma przewagę nad innymi ziemianami w tym, że może używać specjalnego zegarka obcego pochodzenia, który może zamienić go w różnych przedstawicieli innych planet. Ale w grze Ben 10 Run nie będzie transformacji, bohater będzie polegał na własnej sile i wytrzymałości. Będzie musiał przebiec przez otwarty pustynny teren, przeskakując różne przeszkody. Powodem jego ucieczki jest zniknięcie jego kuzynki Gwen. Musisz zrobić wszystko szybko, nie tracąc czasu, więc musisz pomóc bohaterowi przeskakiwać przeszkody i zbierać kryształy w grze Ben 10 Run.