Nikt nie kwestionuje osiągnięć Wojowniczych Żółwi Ninja i Power Rangers, jednak nie mogli oni dojść do porozumienia między sobą i każda grupa twierdzi, że jest lepsza. Aby dowiedzieć się, kto jest najlepszy, bohaterowie postanowili zorganizować między sobą walki, które rozpoczną się, gdy tylko wejdziesz do gry Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash. Ty wybierasz wojowników, którzy jako pierwsi wejdą na arenę. Po serii bitew powinien zostać tylko jeden zwycięzca. Nikt nie zmusza cię do kibicowania komuś, wybierasz dla siebie bohatera i będziesz go promować, pomagając pokonać wszystkich rywali w Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash.