Po pojawieniu się Mario w przestrzeniach gier wszyscy hydraulicy ożywili się i stali się dumni ze swojego zawodu. Dzisiaj każdy hydraulik marzy o tym, by stać się tym samym, co legendarna postać z gry, a nasz bohater w Ninja Plumber nie jest wyjątkiem. Ma większe szanse niż reszta. W końcu nie jest zwykłym hydraulikiem, ale ninja. Bohater zręcznie wspina się po rurach, łatwo będzie też skakać i biegać po platformach, zbierając monety. Oprócz monet uważaj na specjalne grzyby, które mogą pojawić się z bloku z narysowanym znakiem zapytania. Ten grzyb zrobi z bohatera superbohatera. Wskakuj na wrogów lub rzucaj w nich shurikenami i poruszaj się na końcu poziomu, aby przejść do następnego w Ninja Plumber.