Apokalipsa może się zdarzyć z różnych powodów, w grze Apocalypse Run pomożesz bohaterowi, który znalazł się w centrum apokalipsy, która pojawiła się w wyniku powstania maszyn. Sztuczna inteligencja, której pojawienie się było tak wyczekiwane i tak podziwiana za swój szybki rozwój, zdecydowała, że teraz nie potrzebuje ludzi. Co więcej, są wręcz szkodliwe, bo wszystko robią źle, często zachowują się irracjonalnie, niszczą środowisko i zabijają własny gatunek. W umyśle maszyny uformowało się silne przekonanie, że człowiek jest głównym złem na planecie i musi zostać zniszczony. Tak zaczęło się systematyczne niszczenie ludzkości, a bohater Apocalypse Run chce tego uniknąć, a ty pomożesz mu w walce z robotami.
