Księżniczka Peach została ponownie porwana, Bowser nie może się uspokoić i czas przejść na emeryturę, ale wciąż tam jest, daj mu piękno. Mario musi ruszyć w drogę, a on też nie jest pierwszą świeżością. Po raz pierwszy hydraulik zwątpił w swoje umiejętności i postanowił zaprosić Sonica do pomocy, wiedząc, że potrafi szybko biegać i wysoko skakać. W międzyczasie, gdy przybywa Sonic, możesz sterować Mario i pomagać mu zbierać monety oraz wskakiwać na popleczników Bowsera. Następnie możesz przełączyć się na Sonica, ale będzie musiał zbierać pierścienie, ale obaj bohaterowie mają ten sam cel - uratować księżniczkę w Super Mario i Sonic.