Ninja właśnie wrócił z wędrówki i postanowił odwiedzić swój rodzinny klasztor, w którym studiował i swojego ulubionego nauczyciela, który przekazał mu ogromną wiedzę i nauczył, jak kontrolować swoje ciało i ducha. Zastał mnichów pogrążonych w przygnębieniu i wielkiej frustracji. Dzień wcześniej czerwoni samurajowie napadli na klasztor i ukradli kolekcję starożytnych kamieni z runami. Są to święte kamienie, które od wieków przechowywane są w klasztorze. Nasz bohater poprzysiągł zwrócić wszystko, co skradziono i natychmiast wyruszył w podróż. Pomóż bohaterowi w Ninja Run wypełnić jego świętą misję. Ninja pobiegnie, a ty pomożesz mu przeskakiwać przeszkody i wrogów na czas, zbierając kamienie.
