Galaretkowata postać o imieniu Misty wyrusza w podróż po wyjątkowym platformowym świecie w MystiCloned. Jego ścieżka będzie interesująca, ale dość trudna, jeśli nie pomożesz mu pokonać przeszkód. W tym celu bohater będzie potrzebował specjalnych portali. Przechodząc przez nie, bohater otrzyma do swojej dyspozycji określoną liczbę klonów. Wyglądają jak bohaterowie, ale są pomalowani na czarno. Jeśli chcesz, aby klon zatrzymał się w określonym miejscu, kliknij na niego przyciskiem myszy, a klon zmieni kolor na bladoróżowy i pozostanie na miejscu. Będzie to potrzebne, gdy będziesz musiał naprawić jakiś przycisk otwierający drzwi. W przyszłości będziesz musiał także używać klonów na różne sposoby, aby pokonać różne przeszkody w MystiCloned.