Sonic ma okazję rozprawić się ze swoim starym wrogiem Knucklesem. Niebieski jeż otrzymał nieoczekiwaną informację o lokalizacji swojego przeciwnika i zamierza się tam udać. Razem ze swoim przyjacielem i asystentem Tailsem bohaterowie polecą na wyspę samolotem. Po wylądowaniu spotkają Knucklesa, jednak ten szybko zniknie. Musisz pomóc Sonicowi i jego przyjacielowi ścigać złoczyńcę. Na wyspie umieścił wiele pułapek, aby nikt nie mógł go dogonić, ale Sonica nie można zatrzymać, a Ty będziesz ściśle kontrolować ruch bohatera, zapobiegając mu wpadnięciu na ostre kolce. Zbieraj pierścienie, zawsze przydadzą się bohaterowi w Sonic 3 & Knuckles.